Le prime notizie documentate si rintracciano in atti dell’undicesimo secolo. Nel 1189 la Repubblica veneta ordinò la costruzione di un canale di navigazione tra i due fiumi Frassine e Bacchiglione che attraversavano il suo territorio, creando così una nuova via di comunicazione utile per gli scambi commerciali tra le province di Padova, Rovigo e Mantova. A causa del rapido sviluppo urbano, nel 1203 da frazione di Montegrotto si trasformò in comune autonomo. Nel 1232 la repubblica di Padova vi installò dei mulini, il cui numero fu aumentato nel 1336 dal principe Marsilio da Carrara; tre anni più tardi Ubertino da Carrara fondò la prima industria cartiera. Terminata la guerra veneto-carrarese, nel 1405 fu incorporata nella repubblica di Venezia e rifiorì come stazione termale.

La sua storia seguente segue quella del resto della provincia, non evidenziandosi avvenimenti di particolare rilievo. Accanto al suggestivo centro storico, caratterizzato da un insediamento urbano sviluppato in maniera omogenea lungo i canali, il patrimonio artistico comprende il castello del Cataro, fatto costruire da Beatrice degli Obizzi nel XVI secolo in una località da cui ha preso la denominazione, che presenta una struttura architettonica molto complessa ed inusuale in Veneto; è, inoltre, arricchito da un giardino all’inglese, un laghetto e una fontana chiamata dell’elefante. Di notevole interesse è anche villa Selvatico-Capodilista, realizzata nel XVII secolo da Benedetto Selvatico, divenuto proprietario del Colle di Sant’Elena su cui si trova e delle terme. È una tipica villa palladiana dotata di una scalinata di ingresso molto scenografica.

I fiumi e i canali furono utilizzati, fin dall'antichità, come le naturali e più sicure vie di comunicazione per il trasporto delle merci e dei passeggeri. In particolare, nel Veneto, la fitta rete fluviale influenzò lo sviluppo delle relazioni sociali ed economiche, favorito da una vasta ed evoluta varietà di imbarcazioni. La posizione baricentrica del territorio padovano, vero e proprio punto nodale tra la laguna di Venezia e l'entroterra padano, ha permesso lo sviluppo dei collegamenti attraverso i fiumi Brenta e Bacchiglione e le loro diramazioni.

La facilità d'accesso ai corsi d'acqua principali, grazie ad un sofisticato sistema di canali di collegamento, sostegni ed altri manufatti idraulici, ha consentito la valorizzazione delle già fiorenti attività agricole, artigianali ed industriali, offrendo un bacino commerciale più ampio. 

In questo quadro Battaglia Terme rappresentò il fulcro di una vasta rete di traffico: al centro di un'area caratterizzata da intense attività manifatturiere e soprattutto estrattive (trachite e scaglia dei Colli Euganei), era il punto di confluenza di importanti idrovie per il collegamento dell'area collinare e della Bassa Padovana con le principali vie d'acqua dell'Italia nord-orientale. E' posta infatti nel punto in cui dai canali Bisatto e Battaglia, provenienti rispettivamente da Este e da Padova, si diparte il canale Vigenzone che collega Battaglia a Bovolenta, Pontelongo e arriva fino a Chioggia. 

La nascita e lo sviluppo del paese sono strettamente legati al commercio fluviale e allo sfruttamento dell'energia idraulica (mulini, cartiera, magli). Fra il 1189 e il 1201 fu scavato il Canale Battaglia, "superstrada" fluviale realizzata per collegare direttamente l'avamposto fortificato di Monselice e i Colli con la città di Padova. L'afflusso di numerosi lavoratori per la realizzazione dell'opera e il successivo insediamento delle famiglie di figure professionali legate al fiume come i barcàri, cavalànti,cariolànti, sabionari, squeraròi, mugnai costituirono il primo nucleo abitativo di Battaglia. Quella dei "lavoratori del fiume" è una civiltà portatrice di una propria cultura, legata a specifici oggetti di lavoro, con un uso razionale delle risorse, e che si adegua al lento e spesso irregolare fluire delle acque. 

Tra il barcàro e la propria imbarcazione da carico (burcio o padovana) si stabiliva un rapporto di fatica e di emozioni. La barca così era una vera e propria casa e soprattutto il contesto nel quale si svolgevano i piccoli, grandi avvenimenti della vita. Il burcio non trasportava solo merce, era anche il mezzo per conoscere il "mondo" che il barcáro vedeva scorrere dal fiume e nel quale si immergeva durante i lunghi periodi di sosta in attesa del carico o dello scarico, di poter passare le conche e delle cosiddette butà, ondate di piena che venivano provocate artificialmente due volte alla settimana per sopperire alla scarsezza di fondali.